日本由于国土狭小，人均可耕种土地很少，加上历史原因，属于葡萄酒生产企业的葡萄园面积很少，葡萄酒生产企业大都从葡萄农户手中收购葡萄原料，尽管如此，日本国内的葡萄酒生产原料供应还是严重不足，至今每年仍从国外进口较大数量的原酒供国内企业生产。
葡萄品种
山葡萄及其改良品种：日本本土原生的山葡萄品种有16种之多， 由于这些原生的山葡萄品种酸度高含糖量低，因此目前已很少被日本葡萄酒生产企业用于生产葡萄酒，而在北海道地区还有相当一部分企业在使用本地原生山葡萄与国外酿酒葡萄、本土鲜食葡萄嫁接改良的葡萄品种来生产中、低端葡萄酒。
白葡萄品种：在日本广泛栽培的酿酒白葡萄品种有甲州、霞多丽、赛美容、长相思、雷司令、琼瑶浆、白比诺、科纳(Kerner)、尼亚加拉(Niagara)等。
甲州葡萄：这是在日本最有名的也是栽种最多的一个本土白葡萄品种。甲州葡萄皮色粉红，易于日本本州地区栽培，既可以鲜食又可以酿酒。尽管甲州葡萄不属于优质酿酒品种，但它毕竟是日本有可能酿出好酒的日本本土原生酿酒葡萄品种，因此经过日本葡萄酒界的多年不懈努力和日本农业科技研究人员的大力配合，通过改良酿造工艺和设备等手段，终于用甲州葡萄酿出了使国内外葡萄酒界认可的高品质白葡萄酒。
红葡萄品种：在日本广泛栽培的葡萄品种有美乐、赤霞珠、黑比诺、西拉、兹威格(Zweigelt)、特罗灵格(Trollinger )和日本培育的Muscat Bailey-A等。
Muscat Bailey-A (マスカットべリーa )：这是一个红葡萄品种，是由日本的川上善兵卫(1868-1944年)引种到日本新泻县的。川上的目标是选育一个适应日本的气候的葡萄品种。他杂交“Bailey/ベーリ”葡萄与“玫瑰香”葡萄得到了Muscat Bailey-A ，后来这个品种被广泛的在日本栽培。此外，川上还开发“黑皇后(ブラッククイーン)葡萄。近年来，Muscat Bailey-A葡萄还采取晚收风干的办法酿造甜型葡萄酒。Muscat Bailey-A还与欧系品种混酿，生产出具备波尔多、勃艮第风格的葡萄酒。
在日本有“日本酿酒厂协会”但没有全国范围内的葡萄酒相关法律，不论本国酿酒厂使用哪国的原酒或什么品种的葡萄，统统被标记为“日本酒”。正因如此，有一些日本市面销售的“日本产葡萄酒”实际上是使用了进口原酒。
但是，目前日本有些地区也采用了类似法国的AOC制度和美国的(AVA)的“原产地标记”。长野县使用“称谓的管理制度”，山梨县，甲府市是采用“葡萄酒域的原产地认证规例”，而目前日本许多酒厂在酒标上标明“100%使用日本产葡萄原料酿制”以表明其纯国产的身份。
