关于药酒的起源，说法很多，有商代、唐代、宋代、明代诸说。
我认为，药酒至迟起源于汉代，大概更接近于历史事实。
我国最古的药酒酿制方，帛书《养生方》和《杂疗方》(在1973年马王堆出土)有文字记载。从《养生方》的现存文字中，可以辨识的药酒方共有六个。
1.用麦冬(即颠棘)配合秫米等酿制的药酒(原题：“以颠棘为浆方”治“老不起”)。
2.用黍米、稻米等制成的药酒(“为醴方”治“老不起”)。
3.用美酒和麦X(不详何药)等制成的药酒。
4.用石膏、藁本、牛膝等药酿制的药酒。
5.用漆和乌喙(乌头)等药物酿制的药酒。
6.用漆、节(玉竹)、黍、稻、乌喙等酿制的药酒。《杂疗方》中酿制的药酒只有一方，即用智(何物不详)和薜荔根等药放入甑(古代一种炊事用蒸器)内制成醴酒。其中大多数资料已不齐，比较完整的是《养生方》“醪利中”的第二方。该方包括了整个药酒制作过程、服用方法、功能主治等内容，是酿制药酒工艺的最早的完整记载。
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先秦时期，中医的发展已达到了可观的程度，这一时期的医学代表著作《黄帝内经》，对酒在医学上的作用，做过专题论述。在《素问·汤液醪醴论》中，首先讲述醪醴的制作“必以稻米、炊之稻薪、稻米者完、稻薪者坚”，即用完整的稻米作原料，坚劲的稻杆做燃料酿造而成，醪是浊酒，醴是甜酒。“自古圣人之作汤液醪醴者，以为备耳……中古之世，道德稍衰，邪气时至，服之万全”，说明古人对用酒类治病是非常重视的。《史记·扁鹊仓公列传》中“其在肠胃，酒醪之所及也”，记载了扁鹊认为可用酒醪治疗肠胃疾病的看法。
汉代，随着中药方剂的发展，药酒便渐渐成为其中的一个部分，其表现是临床应用的针对性大大加强，所以其疗效也进一步得到提高，如《史记·扁鹊仓公列传》收载了西汉名医淳于意的二十五个医案，这是我国目前所见最早的医案记载，其中列举了两例以药酒治病的医案;一个是济北王患“风蹶胸满”病，服了淳于意配的三石药酒，得到治愈。
另一个是苗川有个王美人患难产，淳于意用莨菪酒治愈，并产下一婴孩。
东汉·张仲景《伤寒杂病论》中，记载有“妇人六十二种风，腹中血气刺痛，红兰花酒主之”。红兰花功能行血活血，用酒煎更加强药效，使气血通畅，则腹痛自止。
此外，瓜蒌薤白白酒汤等，也是药酒的一种剂型，借酒气轻扬，能引药上行，达到通阳散结，豁痰逐饮的目的，以治疗胸痹。
至于他在书中记载以酒煎药或服茯的方例，更是普遍。
宋代彭乘的《墨客挥犀》中记载：“王文正太尉气羸多病，真宗面赐药酒一瓶，令空腹饮之，可以和气血辟外邪。文正饮之，大觉安健，因对称谢。
上曰：‘此苏合香酒也。每一斗酒以苏合香丸一两同煮，极能调五脏，却腹中诸疾，每冒寒夙兴，则饮一杯。’因各出数榼赐近臣。自此，臣庶之家皆效之，苏合香丸盛行于时。
此方本出《广济方》，谓之白术丸。”《广济方》是唐玄宗开元时期的医书。可见，苏合香酒至迟出于唐代前期。
北魏贾思勰《齐民要求》记载：“作和酒法：酒一斗，胡椒六十枚，乾姜一分，鸡舌香一份，荜拔六枚。下筛，绢囊盛之，内酒中，一宿，蜜一升和之。”
《齐民要求》上还有一条讲“笨曲饼酒”的材料，“从此酒浸五加皮、及一切药，皆有益，神效。”这条材料透漏出一个信息，北魏时期药酒的品种繁多，“笨曲饼酒”是制造药酒的好原料。
我国古代有元旦饮屠苏酒的习俗。屠苏酒就是一种药酒。李时珍《本草纲目》中收录有屠苏酒的配方，并特别注明：“陈延之《小品方》云：此华佗方也。”陈延之是晋代医学家。华佗是东汉末年的医学家。汉晋相距不远，陈延之说屠苏酒是汉末华佗发明的，应当可信。
屠苏酒的制造方法：“用赤术、桂心七钱五分，防风一两，菝葜五钱，蜀椒、桔梗、大黄五钱七分，乌头二钱五分，赤小豆十四枚，以三角绿囊盛之，除夜悬井底，元旦取出置酒中煎，数沸，举家东向从少年至长次第饮之。”从屠苏酒的制造方法中可以看出，它完全符合药酒的定义。
宋代窦羊的《酒谱》记载：“王莽以腊日献椒酒于平帝，其屠苏之渐乎?”又载：“西汉以来，腊日饮椒酒见《四民月令》。”据近人考证，《四民月令》是东汉崔实于桓帝延熹时(约公元166年)所作。椒酒应当是比屠苏酒更早的一种药酒。
但值得强调的是远古时代的药酒大多数是药物是加入到酿酒原料中一块发酵的，也就是药曲，而不是象后世常用的浸渍法。
其主要原因可能是远古时代的酒保藏不易，浸渍法容易导致酒的酸败。药物成份尚未溶解充分
